¿Cómo puedo limpiar un cadena en java?

tengo un programa hecho en java que me recorre un archivo ese archivo posee las siguientes lineas por ejemplo.

11222ytygygy.jkjkjj,ooiin899222huhhh.ppok,oio0.okok876te6hu82nw9.je8e82.0923m

y asi sucesivamente
lo que necesito es como puedo quitar las letras y remplazar las comas por puntos y si aparecen mas puntos en la linea solo dejar uno

He estado utilizando el replaceAll pero no se si sea lo mejor o hay mejor formaaqui lo que he utilizado

public static String reemplazar(String cadena, String busqueda, String reemplazo) {    return cadena.replaceAll(busqueda, reemplazo);}

este metodo es el que utilizo mas que todo para hacer lo del remplazo lo que hago es meter en un for y comparar con un array donde tengo un diccionario